Salut rikiki !
J'ai eu le même problème, et ça vient bien de IE...
It appears that if you have multiple position:relative elements in your code, then IE sets up separate Z layer contexts for each one, which ignore each other.
Source : http://verens.com/archives/2005/07/15/ie-z-index-bug/
Personnellement, je ne travaille qu'avec des "position", il va donc falloir ruser...
Bonne chance !